是卫生部唯一认可的全国医学真菌菌种保藏管理中心，国内首个医学真菌学博士学位授权点、临床真菌病学博士后流动站点，也是我国抗真菌药物临床前药效评价平台建设单位和临床药效学评价最大基地。现任科室主任为刘维达教授。开展业务如下：
1.疑难真菌病的治疗
包括各种癣病，如头癣、手癣（鹅掌风）足癣（脚气）、体癣、股癣（烂裆）、甲癣（灰指甲）等；各种粘膜念珠菌病，如念珠菌性阴道炎、龟头炎、口腔炎（鹅口疮）、唇炎等；念珠菌性甲沟炎、皮肤念珠菌病、深部念珠菌病等；各种马拉色菌相关疾患，如头皮屑、脂溢性皮炎、汗斑、毛囊炎等；各种真菌感染性肉芽肿和院内机会真菌感染。可进行院外疑难真菌感染病例会诊。
2.诊断
真菌镜检和培养以及表型鉴定、真菌药敏、真菌免疫血清学检查疑难真菌的分子鉴定等。对罕见菌或首报菌可加做动物模型进行感染验证。
3.各种细菌性皮肤病（如痤疮、脓疱疮、毛囊炎、湿疹继发感染等）病原菌的分离、鉴定和药敏。
4.真菌研究方向的临床研修生培训和真菌检验进修生培训。
5.医学真菌学方向硕士生、博士生和博士后的招生和培养。
6.常年供应各方客户需求的真菌标准菌株。
7.按国家规定的技术标准和质量标准，常年进行抗真菌药物体内外药效学评价实验，以及联合开发抗真菌新药。
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